La bandera de Santomera es un símbolo de orgullo para los habitantes del municipio. Ondea en todos los edificios municipales, junto a las de España, la Comunidad Autónoma de la Región de Murcia y la Unión Europea, y se utiliza en diferentes ocasiones y eventos para representar a Santomera y mostrar su identidad como comunidad.

Está dividida en tres franjas horizontales: arriba, azul, en el centro, blanca, y, abajo, verde; colores que representan, respectivamente, el cielo, la paz y la huerta. En la parte izquierda, un triángulo amarillo, simbolizando el color del limón santomerano, de cuyo vértice emerge el escudo heráldico municipal.

El diseño original fue obra de Antonio Bobadilla Paredes, ganador del concurso convocado a tal efecto por la Concejalía de Cultura en el año 1990.