Tras el abandono del poblado ibérico de Cobatillas la Vieja-Sierra del Balumba, no hay ningún núcleo habitado de importancia en todo el municipio. El origen del pueblo comenzará a conformarse junto a la acequia de Zaraíche a finales del siglo XVI, dando origen a la actual huerta de Santomera. Aunque la agricultura en Murcia se asocia a la presencia musulmana en el medievo, la cual trajo y desarrolló innovaciones en ingeniería hidráulica que fueron esenciales para devenir de la zona, no se han hallado restos arqueológicos de esta época en el municipio santomerano, salvo algunos restos cerámicos en el entorno del Malnombre. No obstante, es de suponer que serían estos los que comenzarían la explotación agrícola de la huerta de Santomera, al igual que en todo el valle.

La Santomera actual tiene su origen como núcleo de población ininterrumpidamente habitado y de una cierta entidad en el siglo XVI, cuando las tierras que conformaban lo que hoy es su huerta comienzan a ser drenadas con una red de azarbes, y lo que era una zona pantanosa cubierta de marjales pasa a ser la prolongación de la huerta capitalina, que hasta entonces solo llegaba por su parte norte poco más allá de Monteagudo de una manera discontinua. Desaparecidos los poblados prehistóricos, unas pocas alquerías y viviendas en el campo o en la parte alta de lo que será la huerta, a salvo de las riadas del Segura, son los únicos lugares con población. La llegada de la acequia de Zaraíche, en la Murcia musulmana, significó la puesta en cultivo de una franja estrecha en el borde norte de la depresión prelitoral, que se fue ampliando lentamente hasta la construcción masiva de cauces para evacuar los marjales. Esta franja de terreno, como el resto de la huerta, está formada por suelos llanos aluviales, de textura areno-limosa y bastante profundos, con origen en las aportaciones de ríos y ramblas.

Desde el azud denominado actualmente la Contraparada, posiblemente construido en el siglo X, se desarrolló una red de acequias entre los años 1000-1250, resultado del esfuerzo prolongado de la población hispano-musulmana, que se iría incrementando en proporción con el avance de los riegos. Desde este azud se derivaban dos acequias mayores: la de Aljufía, por el norte, en el margen izquierdo del río; y la de Alquila, o del Mediodía, por el margen derecho. De estas acequias mayores se irían derivando otras menores que distribuirían el agua por brazales y regaderas para llevar el agua a toda la huerta. Son los llamados cauces de aguas vivas. Los cauces de aguas muertas, escorredores, landronas, azarbetas, azarbes y meranchos, recogen los avenamientos de las tierras regadas con las aguas vivas para devolverlas otra vez al río y volver a comenzar otra red de acequias; son también utilizados para regar en tierras donde las aguas de las acequias no pueden llegar, con la construcción de nuevas acequias o elevándolas con artefactos de riego (norias, aceñas, artes, o motores en la actualidad). La acequia mayor de Aljufía no llega a las zonas más elevadas al norte de la huerta, por lo que hubo que construir derivaciones que llevaran el agua hasta ellas. Una de esas derivaciones fue la acequia de Zaraíche, que dio origen a la huerta de Santomera. De origen islámico, esta acequia nace de la citada acequia mayor en La Albatalía y llega al límite con Orihuela, tras pasar por el noroeste de la ciudad de Murcia, Santiago y Zaraíche, Churra, Monteagudo, Las Lumbreras, La Cueva, El Esparragal, Cobatillas, Santomera y El Siscar, regando la huerta de todas estas poblaciones.

La acequia de Zaraíche recorre algo más de 22 kilómetros desde su toma en la Contraparada hasta su final, en el límite con Orihuela, antiguamente en el límite con la Corona de Aragón. Hasta el siglo XVIII, su caudal sobrante iba a desembocar en una azarbe desaparecida, la de la Gralla o Graya; en la actualidad, lo hace en el canal de desagüe del embalse de Santomera, que discurre sobre Rambla Salada, actual límite entre las comunidades autónomas de Valencia y Murcia. De los 22 kilómetros de su recorrido, los últimos 4 lo hace por el término municipal de Santomera, regando la incipiente huerta santomerana y dando origen al nacimiento de los dos principales núcleos de población del municipio: Santomera y El Siscar. Aunque sabemos, aproximadamente, que la acequia de Zaraíche tiene su origen en la Murcia islámica, no tenemos certeza sobre si desde el momento de su construcción la obra se ejecutó desde la cabecera a la cola de la misma o se fue construyendo conforme se iba drenando la huerta hacia Orihuela, posibilitando la instalación de agricultores que utilizarían su agua.

El problema del agua para riego ha sido uno de los principales, junto con las sequías y otros como las riadas, la propiedad o el sistema de arrendamiento, al que han tenido que enfrentarse los agricultores del municipio de Santomera. Estar en la cola de la acequia de Zaraíche significaba que la huerta de Santomera era de riego, pero no siempre llegaba el agua, que solo lo hacía cuando los de los dos primeros tercios de la misma ya habían satisfecho sus necesidades. La huerta del heredamiento de Santomera solo disponía de aguas sobrantes; por lo tanto, ha sido maravilloso que se riegue el tramo final de la Huerta de Murcia en su parte norte. El agua, para bien y para mal, siempre ha estado ligada al crecimiento y a los parones o retrocesos del bienestar de los habitantes del municipio oriental fronterizo con la Comunidad Valenciana.